1. WTC a řízené demolice bombami
Rychlý pád World Trade Center dopomohl k tomu, aby lidé šířili dezinformace o jejich odpálení a řízené demolici. Oficiální verze po vyšetřování je ta, že nárazy byly tak silné a požár tak rozsáhlý, že poškodili nosné části obou budov a ty se následně zhroutily. Podle konspirátorů však není možné, aby ocelové základy nevydržely. Budovy měly být navrženy tak, aby nárazy letadel zvládli bez fatálních následků.
2. Nesrovnalosti v Pentagonu a Pennsylvánii
Další neobjasněnou otázkou zůstává osud dalších dvou letadel, z nichž jedno mělo narazit do budovy Pentagonu a druhé se zřítilo do pole ve státě Pennsylvánie. Odpůrci oficiální teorie tvrdí, že po stroji havarovaném v Pentagonu nebyly nalezeny žádné trosky. Autoři konspiračních teorií proto hovoří o zásahu rakety, která způsobila, že trosky letadla se rozptýlili po okolí. Oficiální teorie však tvrdí, že únosců přemohli pasažéři a následný chaos na palubě stroje způsobil jeho pád.
3. Tower 7 - hnízdo přípravy
Trumfem konspirátorů však zůstává záhada pádu budovy s označením Tower 7. Ta se zhroutila několik hodin po nárazu letadel do WTC. Budova však nebyla poškozena žádným útokem, přesto se zhroutila za méně než tři sekundy. Oficiální teorie hovoří o závažném poškození nosníků několik hodin trvajícím požárem, který se rozšířil z hroutících se "dvojčat". Konspirátoři se však diví, jak může kolaps mrakodrapu způsobit oheň, jehož ocelová struktura by měla být schopna odolávat mnohem delší dobu než jen několik hodin. Podle konspirátorů v budově Tower 7 měli své kanceláře i Ústřední zpravodajská služba (CIA) a Pentagon, a tedy podle nich právě zde se měla celá akce připravovat. Všechny důkazy tak bylo třeba snést ze světa, tvrdí konspirátoři a poukazují na fakt, že Tower 7 by byla prvním a jediným mrakodrapem na světě, který se zhroutil následkem ohně.
4. Únosci jsou stále naživu
Existují názory, podle kterých jsou únosci letadel stále naživu. FBI tvrdila, že v troskách mrakodrapů našla dokonce pasy dvou únosců! Mezitím se ukázalo, že minimálně šest z údajných únosců, kteří měli při útocích zemřít, stále žije. Jak je vůbec možné, že pasy a doklady únosců přežili explozi, která zničila Dvojčata?
5. Volání z mobilů byly podvodům
Podle další konspirace byly telefonáty unesených pasažérů obyčejným podvodem. Vědci tvrdí, že v takové výši, v níž se letadla nacházely by jen těžko chytili nějaký signál. Pochybnosti zavládly i poté, co se jeden z volajících představil vlastní matce křestním jménem i příjmením.